Paleoantropologické důkazy mají jistá omezení, která bychom měli zdůraznit. Předně pozorování zabývající se paleoantropologickými skutečnostmi povětšinou tvoří vzácné objevy, které nelze podle vlastní vůle opakovat. Někteří vědci na tomto poli např. vybudovali značnou reputaci na základě několika slavných objevů, kdežto drtivá většina ostatních neučinila za celou svoji kariéru jediný významný nález.
Za druhé, jakmile je objev učiněn, jsou klíčové prvky důkazu zničeny a jejich znalost závisí výhradně na svědectví objevitelů. Např. jeden z nejvýznamnějších aspektů fosílie je její stratigrafické umístění. Avšak jakmile je fosilie vyjmuta ze země, je přímý důkaz jejího umístění zničen a musíme se v tomto případě spoléhat na výpověď exkavátora. Můžeme samozřejmě namítnout, že původní místo fosílie mohou naznačit její chemické či jiné rysy, ale to neplatí ve všech případech. A při stanovování takových soudů též vycházíme ze zpráv o chemických a fyzikálních vlastnostech vrstvy, ve které byla fosílie údajně nalezena.
<br\> Objevitelé důležitých nálezů někdy nemohou nalézt místo, kde svůj nález učinili. Po několika málo letech jsou naleziště téměř nevyhnutelně zničena, ať už erozí, úplným paleoantropologickým výzkumem nebo komerčním využitím. Dokonce i moderní vykopávky, jejichž znakem je úzkostlivý zápis detailů, ničí samotný důkaz, který zaznamenávají a ponechávají k podložení mnoha klíčových tvrzení pouze psané svědectví. A mnoho důležitých objevů i dnes popisuje klíčové detaily velmi nedostatečně.
Kdo má tedy v úmyslu ověřit paleoantropologické zprávy, zjistí, že získat přístup ke skutečným faktům je velice obtížné, a to i tehdy, má-li možnost navštívit místo nálezu. Časová a finanční omezení mu samozřejmě znemožní osobně vyšetřit více než malý zlomek z celkového počtu důležitých paleoantropologických nalezišť.
Třetím problémem je, že paleoantropologická fakta jsou zřídkakdy jednoduchá. Vědec může přísežně prohlásit, že fosílie byly zcela jasně vystaveny v určité vrstvě z raného pleistocénu povětrnostním vlivům. Ale tento zdánlivě jednoduchý výrok může záviset na mnoha pozorováních a argumentech zahrnujících geologické dislokace, možnost poklesů, přítomnost či nepřítomnost vrstvy naplaveniny z pahorku, přítomnost opětovně naplněné rokle atd. Pokud nahlédneme do svědectví jiné osoby přítomné na nalezišti, můžeme zjistit, že se zabývá mnoha důležitými podrobnostmi, které první svědek vůbec nezmínil.
Různí pozorovatelé si někdy navzájem odporují a jejich smysly a paměť jsou nedokonalé. Jeden pozorovatel tedy může na daném místě vidět určité detaily a zanedbat jiné. Některých z nich by si mohli všimnout jiní pozorovatelé, ale v důsledku znepřístupnění naleziště se to může ukázat nemožné.
Pak je tu problém podvádění. Podvody mohou být jednak systematické, jako tomu bylo v případě nálezu v Piltdownu. Odhalit tento druh podvodu vyžaduje vyšetřovací schopnosti perfektně vyškoleného policisty plus veškeré vybavení moderní forenzní laboratoře. Naneštěstí jsou pro promyšlené podvody silné motivy, jelikož na objevitele lidského předka čeká sláva. Podvádění se ale může vyskytnout na úrovni pouhého neuvedení skutečností, které odporují žádoucím závěrům. Badatelé někdy pozorovali v jistých vrstvách artefakty, ale nepodali o tom zprávu, protože nevěřili, že by artefakty mohly být tak staré. Tomu se lze vyhnout velice obtížně, protože naše smysly jsou nedokonalé a vidíme-li něco, co se nám zdá být nemožné, pak přirozeně pokládáme náš vjem za chybný. Úmyslné zanedbání zmínky o důležitých okolnostech pozorování je prostě nedostatek lidské povahy, který může mít zhoubný dopad na empirický proces.
Vady paleoantropologických faktů se neomezují pouze na vykopávky objektů. Podobné vady jsou také přítomny v moderních chemických nebo radiometrických datovacích studiích. Například se může zdát, že datování podle stupně rozkladu radioaktivního izotopu uhlíku je přímým pracovním postupem, který poskytuje spolehlivou informaci o stáří objektu. Datovací studie ale často zahrnují komplexní úvahy s ohledem na totožnost vzorků, jejich historii a možné znečištění. Mohou obsahovat zamítnutí některých předběžně vypočtených dat a přijetí jiných na základě komplexních argumentů, které jsou zřídkakdy veřejně publikovány. Zde mohou být fakta také komplexní, neúplná a převážně nepřístupná.
Závěrem, ke kterému na základě těchto omezení dospíváme, je, že v této oblasti jsme převážně omezeni na srovnávací studie zpráv. Ač lze v muzeích konkrétní důkazy ve formě fosílií a artefaktů nalézt, většina klíčových důkazů, které jsou pro tyto objekty významné, existuje pouze v psané podobě.
Jelikož informace skýtané paleoantropologickými zprávami jsou povětšinou neúplné a i ta nejjednodušší paleoantropologická fakta většinou obsahují komplexní, nevyřešitelné problémy, je obtížné dospět v tomto oboru k solidním závěrům o realitě. Nezbývá nám nic jiného než porovnávat kvalitu různých zpráv. Ačkoli nemáme přístup ke skutečným faktům, můžeme přímo studovat různé zprávy a objektivně je srovnávat.
Soubor zpráv zabývajících se určitými objevy lze hodnotit na základě důkladnosti ohlašovaného výzkumu a logiky a konzistence uvedených argumentů. Můžeme zvážit, zda byly diskutovány a zodpovězeny různé skeptické protiargumenty dané teorie. Jelikož hlášená pozorování musí vždy být přijímána s jistou dávkou víry, můžeme též prozkoumat kvalifikace pozorovatele. Jsou-li dva soubory zpráv podle těchto kritérií na stejné úrovni hodnověrnosti, pak by se s nimi mělo zacházet stejně. Můžeme je oba přijmout nebo zavrhnout, nebo jim připsat status nejistoty. Bylo by ovšem chybné přijmout jeden z nich a druhý zamítnout. A obzvláště chybné by bylo přijmout jeden soubor za důkaz dané teorie a potlačit druhý, a tím jej znepřístupnit budoucím generacím.
Tento přístup je aplikován na dvě specifické množiny zpráv. První obsahuje zprávy o anomálně starých artefaktech a pozůstatcích lidských koster. Druhá množina zahrnuje zprávy o artefaktech a pozůstatcích koster, které jsou přijímány jako důkazy podporující uznávané teorie lidské evoluce. Mezi těmito dvěma množinami zpráv existuje základní kvalitativní rovnocennost. Proto není vhodné jednu přijímat a druhou zamítat. To má vážné důsledky pro moderní teorii lidské evoluce.